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每位豚鼠或啮齿类宠物的家长都可能面临消化系统问题的挑战，这些问题可能源于感染或饮食不当，某些疾病甚至可能致命，因此，宠物主人必须对此保持高度警惕。
多种细菌、病毒和寄生虫都可能干扰豚鼠的消化系统，消化系统失调的症状包括腹泻、体重下降、精神不振和脱水。受到疾病影响的豚鼠可能在看似健康的情况下突然离世。一旦出现症状，可能表现为毛发粗糙、肛门周围粪便污染、腹泻、弓背、呼吸急促、脱水、眼神呆滞、腹部疼痛、初期发烧和后期体温过低。
最常见的原因是食用了变质食物导致的细菌性肠炎，或因食用含水量过高的水果蔬菜、用药不当造成肠内菌落失衡，以及某些食物不耐受。对于轻微的腹泻，增加粗粮摄入并减少谷物和糖分的摄入可能有助于治疗，因为粗粮能增加膳食纤维。除了商业豚鼠粮食外，还需提供充足的干草。额外补充益生菌（小宠物益生菌）可能有助于恢复消化道的菌落平衡。
腹泻期间，补充充足的水分至关重要。多数豚鼠不会主动饮用足够的水，而是通过蔬菜水果摄入水分。由于腹泻期间减少了对蔬菜水果的摄入，可能导致饮水不足，宠物主人需要额外喂水甚至点滴补充液体。只有在必要时才会使用抗生素，因为大多数抗生素可能导致中毒并加剧消化道菌落失衡。
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豚鼠作为啮齿类动物，其牙齿终年不断生长，这可能导致一些其他宠物较少见的牙齿和口腔疾病。当豚鼠在咀嚼、吞咽时出现问题，它们就会流口水，通常原因是牙齿生长不当，也称为咬合不正。咬合不正可能是遗传导致的，也可能是因为缺乏维生素C、受伤或饮食中某种矿物质成分不平衡。由于牙齿持续生长，如果牙齿或上下颌不能正确咬合，牙齿可能会过度生长，导致宠物难以咀嚼，随后出现体重减轻、口腔出血或牙龈脓肿，甚至引发鼻窦感染。
由于口腔疾病在豚鼠中非常普遍，如果您的豚鼠出现流口水，需要仔细检查门牙和后面的臼齿，看是否有过长和变形。门牙过长可以通过定期修剪来避免，而臼齿的修复则非常困难。两个月前，有一只仓鼠因为后臼齿长期未磨损而生长过长，从脸颊部位穿透出来，导致嘴部张开困难。为了避免后臼齿不磨损，需要为它们准备各种不同的磨牙食物。每只豚鼠可能对不同的味道和啃咬习惯有偏好，因此，宠物主人经常抱怨的“它们不吃磨牙棒”可能是由于形状和口味不适合，建议尝试不同形状和口味的磨牙棒。
如果发现豚鼠无法闭合嘴巴、无法咀嚼食物，建议立即咨询宠物医生，进行适当的检查以确定问题的根源。由于豚鼠的代谢非常快，长时间不进食可能导致低血糖甚至死亡。
